في أحد الأيام، وأثناء عودتها من المدرسة إلى المنزل، تنقذ كونوها كوغا ساتوكو كوساغاكوري، وهي نينجا هربت من قريتها. وسرعان ما ظهر مطاردون من القرية بحثًا عن ساتوكو، لكن كونوها تعاملت معهم ببراعة. وتبين أن هذه الطالبة المتواضعة في المدرسة الثانوية هي في الواقع قاتلة محترفة. وهكذا تبدأ حياة التعايش التي قد تكون قاسية بين نينجا وقاتلة محترفة!